Aunque el primer bombardeo que golpeó el barrio de Aranguren fue el 21 de mayo sería a partir del 16 de junio cuando el ejército rebelde llevó a cabo una implacable persecución contra el Gobierno Vasco, su armada y los refugiados por todas las Encartaciones.

Ese día, el Lehendakari Agirre pasó por Araguren con intención de hacer una corta parada en Otxaran. El siguiente día, varios políticos de renombre salieron de Bilbao y se juntaron en La Herrera.

En la noche del 16, la aviación extranjera al servicio de los rebeldes bombardeó la carretera Bilbao-Balmaseda, con total tranquilidad e impunidad. Los bombardeos duraron entre cuatro y seis horas, ya que no encontraron ningún avión haciéndoles frente. Los más afectados fueron los refugiados, su ganado y sus pertenencias: eran un blanco fácil, ya que al estar la carretera hacia Aranguren llena de bueyes y carros era difícil avanzar deprisa. También destrozaron varias casas y camiones.

El 17, al amparo de la oscuridad, los aviones volvieron a aparecer, en esta ocasión para destrozar el centro de Aranguren. Además de la población habitual, en el pueblo se encuentran numerosos refugiados, tanto en la zona más industrial como en los barrios aledaños (Amezaga, Oxibar, Oribe, etc.).

La llamada Junta de Defensa había preparado varios refugios de antemano: El de Peñorra (con la ayuda de los hermanos Maristas), el de la papelera y el túnel debajo del ferrocarril de La Robla.

El bombardeo realizado por los aviones caza afectó de manera especialmente severa a las casas situadas cerca del río que baja de Muineran, una de las cuales perdió su fachada delantera. El depósito de aguas de dicho alto también se vio afectado. Por otro lado, hirió al médico que se encontraba en el centro de salud y a otras personas; además, también dejó tres muertos.

Aterrorizados, los habitantes de Aranguren se dirigieron a los refugios para pasar la noche, aunque les faltaran colchones, mantas y cualquier otro tipo de comodidades.

El 18, algunas de las personas que consiguieron sobrevivir a los bombardeos consiguieron tomar el último tren con destino a Santander; por desgracia un caza apareció en el camino a Otxaran y les disparó hasta que consiguieron llegar al túnel del tren.

El sector industrial de la papelera, además de dar cobijo a los refugiados, también acogió al batallón Guipúzcoa. Recibió la llamada del observatorio del monte Eguen para que tocara el cuerno; tal era su potencia que se escuchaba en todo el valle, lo que daba tiempo suficiente a sus habitantes para buscar refugio antes de que llegaran los bombardeos.

El dueño de la papelera era el Conde de Aresti, del bando de los monárquicos españoles; sus 700 trabajadores estaban organizados principalmente alrededor del sindicato socialista UGT; la hermosa sede del sindicato albergaba un teatro, una pista de baile, un restaurante, un bar y varios despachos en el lugar donde ocurrió el bombardeo. El sindicato STV también tenía mucha importancia, pero no una gran sede; su mayor fuerza radicaba en su organización en el centro de trabajo y en las cooperativas de consumo que tenía en Aranguren y Zalla. El tercer sindicato, llamado “Sindicato Libre”, tenía su sede en el barrio Oribe; allí también se solían organizar bailes. La Junta de Defensa confiscó la casa al sindicato y la convirtió en centro de salud para atender a los heridos de guerra. No hemos encontrado datos sobre el sindicato CNT, pero puede que tuvieran representantes o algún grupo.

Al amanecer del 27, el batallón Guipúzcoa volvía de su descanso cuando se encontró con el ejército rebelde cerca de Zalla pero, lejos de acobardarse, atacó a los invasores y consiguió hacerlos retroceder hasta el punto donde se cruzan los dos ferrocarriles. Al anochecer, habiendo perdido el flanco del sur, se vieron obligados a abandonar la posición.

El 28, los monárquicos-fascistas consiguieron tomar Aranguren y utilizaron el matadero como lugar simbólico para asesinar de manera humillante a los zapadores vascos apresados en el puente Mendieta de Zalla, a pesar de que eran prisioneros de guerra.

En los meses que siguieron, varios trabajadores fueron fusilados; mientras tanto, en las cárceles, el hambre y las enfermedades consiguieron acabar también con otros.